تشير العديد من التقارير التي تصف المناعة الذاتية بعد التطعيم بقوة إلى أن اللقاحات يمكن أن تؤدي بالفعل إلى ظهور المناعة الذاتية. تشمل أمراض المناعة الذاتية المحددة التي قد تحدث بعد التطعيمات التهاب المفاصل، والذئبة (الذئبة الحمامية الجهازية، SLE)، وداء السكري، ونقص الصفيحات، والتهاب الأوعية الدموية، والتهاب الجلد والعضلات، ومتلازمة غيلان باريه، واضطرابات إزالة الميالين. تم الإبلاغ عن أن جميع أنواع اللقاحات تقريبًا مرتبطة ببداية متلازمة المناعة الذاتية/الالتهابات [ASIA].
يشير خبراء الصحة إلى أنه لو كانت نية جيتس هي تحسين صحة ورفاهية الأفارقة السود، فإن نفس مئات الملايين من الدولارات التي استثمرتها مؤسسة جيتس في لقاحات غير مختبرة وغير آمنة يمكن استخدامها في توفير الحد الأدنى من شبكات المياه والصرف الصحي. إن تطعيم الطفل الذي يذهب بعد ذلك ليشرب مياه النهر الملوثة بالبراز ليس صحيًا على الإطلاق. ولكن بطبيعة الحال، فإن تنظيف شبكات المياه والصرف الصحي في أفريقيا من شأنه أن يحدث ثورة في الظروف الصحية في القارة.