قد يتسبب لقاح السعال الديكي في تلف دائم ودائم في الدماغ. يُطلب من الأطباء تحذير جميع الأطراف المسؤولة لدى متلقي اللقاح من أن لقاح السعال الديكي قد يسبب "تلفًا دائمًا في الدماغ". ... في عام 1993، نشرت الدراسة الوطنية لاعتلال دماغ الأطفال: متابعة لمدة 10 سنوات عن النتائج الطبية والاجتماعية والسلوكية والتعليمية بعد الإصابة بمرض عصبي خطير وحاد في مرحلة الطفولة المبكرة. ووجد التحليل زيادة بمقدار أربعة أضعاف في الخطر المقدر للإصابة بالتهاب الدماغ من لقاح السعال الديكي.
هناك علاقة مباشرة بين التطعيم واضطرابات طيف التوحد (ASD). تم أخذ هذه الأدلة تحت القسم خلال تحقيق أجراه الكونجرس لمدة ثلاث سنوات، والذي يظهر بوضوح أن مسؤولي الصحة الفيدراليين كانوا متواطئين في التستر على الارتباط بين اللقاحات والأضرار العصبية.