بحلول نهاية عام 1962، أصبحت مؤسسة الأمن القومي في واشنطن العاصمة، التي عرفت سريعًا جون كنيدي كمتشكك خلال عام 1961، تنظر إليه على أنه مهرطق؛ وبحلول نوفمبر من عام 1963، وهو الشهر الذي اغتيل فيه، اعتبروه بلا شك مرتدًا، لأنه لم يعد يدعم معظم ما يسمى بالآراء "الأرثوذكسية" لكهنوت الحرب الباردة. ... أرادت مؤسسة الأمن القومي تحويل الحرب الباردة ضد الاتحاد السوفييتي إلى حرب ساخنة، حتى تتمكن الولايات المتحدة من توجيه ضربات عقابية وقاتلة لخصومها الشيوعيين في ساحة المعركة. وكانت هذه الرغبة في خوض حرب ساخنة من جانب كثيرين داخل مؤسسة الأمن القومي ــ اعتقادهم بأن الحروب التقليدية بالوكالة مع الكتلة السوفييتية كانت ضرورة ملحة، وأن الحرب النووية مع الاتحاد السوفييتي ربما كانت حتمية ــ هي التي عارضها الرئيس كينيدي بشدة. وكان تصميم جون كنيدي العميق على تجنب الحرب النووية عن طريق الحسابات الخاطئة، وتجنب القتال بالأسلحة التقليدية ما لم يكن ذلك ضروريا حقا، هو الذي فصله عن أي شخص آخر تقريبا في إدارته منذ عام 1961 وحتى عام 1963.
بالنسبة لوسطاء السلطة في النظام الذي كان الرئيس كينيدي يرأسه ظاهريا، كان تحوله هو وخروتشوف نحو السلام يشكل تهديدا عميقا. وكما أدركت نخبة الحرب الباردة، كان كينيدي يستعد بالفعل للانسحاب من فيتنام. كانوا يخشون أنه سيكون قادرًا قريبًا على تنفيذ انسحاب أمريكي من الحرب بدعم شعبي، كجزء من مشروع أوسع لصنع السلام مع خروتشوف، وربما حتى كاسترو.
